カバレジツール

自分が参加しているプロジェクトにて、カバレジツールを適用しなくてはならないとの事で、ツールは、そのプロジェクトのある会社でのツールなのですが、そのツールを適用すると、ソースに直接書き込まれる為、ソースが２元化してしまいます。
それでいいのかなぁ。甚だ疑問orz